蛇岛气候温和，雨量适中，而且有很多山沟、岩洞和石缝，为蝮蛇冬眠提供了良好的场所。
蛇岛上的蝮蛇基本没有天敌，算得上站在了食物链顶端，随处可见被蛇毒牙咬伤的鹰的残骸，岛上构成了以蝮蛇为中心的完全的生态系统。除了岛上的鸟类、昆虫和鼠类，每一年还有数十种候鸟将蛇岛作为迁徙南方的中转站，其中就包括黄道眉、柳莺、山雀、雨燕等，它们来到蛇岛无疑是自取灭亡，绝大多数都沦为了蝮蛇的盘中餐，只有少许的鸟类能够反杀蝮蛇，逃过死劫。
这样气候适合，食物充足的生存环境让蝮蛇能够大量繁殖，数量愈来愈多。日本科考队上岸时推测岛上有10~50万条蛇，直到1984年底，科研人员在岛上使用“重捕标记法”测算出蛇岛上约有1.2万条蝮蛇，目前约有2万条蝮蛇照旧活跃在蛇岛上。
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