卫生院和医院，不仅是名称上有区别，其实在本质上也是存在差别的。医院包含了卫生院，但卫生院不包括所有的医院。卫生院是医院的组成部分。
目前在我国的医疗体系中，存在大大小小的医院，既有公立的医院，也有民办医院，还有社会力量办理的医院、中外合资医院、外资医院等。从等级来划分，有一级医院、二级医院、三级医院，如果要细分的话，还有甲等医院，乙等医院等。
比如三级医院中，有三级甲等医院，三级乙等医院等，三级甲等医院是目前等级最高的医院，就是大家所称的三甲医院；此外二级医院也包括二级甲等医院，二级乙等医院等。每一个等级的医院，都是有不同的申报和验收指标，主要硬件和软件综合指标。
比如医务人员的结构比例，学科建设，科研成果、品牌形象等，这些都是软件指标，硬件指标包括了占地面积，建筑面积、仪器设备、床位数量、后勤保障设施等。
我国的医院从乡镇到城市，几乎每一级政府，都会建设一所政府医院，也就是公立的医院，比如乡镇一级政府建设的医院为乡镇卫生院，县一级的医院为县人民医院，地市一级为地市人民医院，省级人民医院等。
除了人民医院以外，还有中医院，然后就是高等医学院校所属的附属医院，也有非医疗类大学所属的附属医院，比如四川大学附属医院、北京大学附属医院等。此外还有部队的医院，武警的医院，行业所属的医院，比如航天医院、铁路医院等。
以前很多大型的国有企业还有医院，后来逐步移交地方管理，现在很多企业出资兴办的医院都是盈利性的医院，属于社会力量办理的医院。
在医院的类别上还有综合性的医院，专科医院等，比如有眼科医院、口腔医院、骨科医院等，也还有美容、整形类的医院。
在林林总总的众多医院中，卫生院是比较特别的。其实很多乡镇除了官办的卫生院以外，大一点的乡镇也还有 部分民营医院的分所。乡镇卫生院、街道卫生院，这是两个最为特别的称呼。
比如现在村一级是建立卫生室，而不是成为村医务室，乡镇和城市的街道是称为卫生院，即使部分乡镇或是城市街道的卫生院，有的被称为某某区第几人民医院，比如我所在的苏坡街道卫生院，同时也是青羊区第九人民医院，但同样要保留苏坡街道卫生院的牌子。
那为什么乡镇的医院要称为卫生院呢？其实乡镇卫生院的职能、定位是不一样的。卫生院，主要的定位就是负责卫生保障。平时的看病就医属于医院的职能，这个部分是盈利性质的，也是医院的收入来源之一。
另外乡镇卫生院、街道卫生院还有一个更重要的职能，那就是卫生保健工作，卫生宣传工作，公共卫生的建设和普查工作，重大公共卫生突发事件的处置工作、重大传染病的防控工作，重点人群的健康保健工作和摸排工作、传染病的溯源工作，健康档案的建设和管理工作等。
以上这些工作，在县城由疾控防疫部门负责，也就是过去的防疫站、妇幼保健站负责，但在乡镇，这些工作全部划归乡镇医院负责。由于乡镇医院既要负责平常的医疗服务工作，同时还要负责乡镇的公共卫生工作，所以在乡镇医院就要称为卫生院，街道医院要称为卫生院。
卫生院主要的职责就是公共卫生工作，这部分工作属于社会公共职能，这是不能盈利的，需要花费大量的人力、物力、财力，其经费来源是根据服务地区的人口数量、幅员面积、由政府财政拨款解决这部分工作产生的费用，用于从事这部分工作人员的工资和福利。
综上所述，卫生院主要是指承担公共卫生管理，同时又要看病就医的医疗机构，一般为乡镇或是街道医院，被称为卫生院；医院是单纯的看病就医，不承担公共卫生管理的职能的医疗机构。
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